გასტროენტეროლოგები სხვადასხვა ინსტრუმენტული თუ ლაბორატორიული კვლევის მეთოდის საშუალებით ადგენენ დიაგნოზს და მკურნალობენ საყლაპავის, კუჭის, ნაწლავების, ღვიძლის, სანაღვლე გზებისა და პანკრეასის დაავადებებს. ყველაზე გავრცელებულ დაავადებებს შორისაა გასტროეზოფაგური რეფლუქსური დაავადება (GERD), კუჭისა და თორმეტგოჯა ნაწლავის წყლული, ნაწლავის ანთებითი დაავადებები (წყლულოვანო კოლიტისა და კრონის დაავადება), მსხვილი ნაწლავის დევერტიკულური დაავადება და ა.შ.